Nie sposób sobie wyobrazić dominikańskiego klasztoru bez biblioteki. Książki towarzyszyły braciom kaznodziejom nie tylko podczas liturgii, ale przede wszystkim służyły studiom, które stanowią jeden z filarów dominikańskiego charyzmatu. Konstytucje zakonne podkreślają, że mimo nakazu przestrzegania osobistego i wspólnotowego ubóstwa klasztory mogą i powinny posiadać książki, jako że biblioteki stanowią nieodzowne zaplecze intelektualnej pracy zakonników. Owocami tej pracy bracia mają się dzielić, pełniąc posługę apostolską – głosząc kazania i słuchając spowiedzi. Należy pamiętać, że od średniowiecza każdy dominikański klasztor był zarazem szkołą teologii, a ta, jak wiadomo, bez książek obyć się nie może. Nie inaczej było w krakowskim klasztorze Świętej Trójcy, założonym przez św. Jacka w 1222 r. W myśl zakonnych konstytucji od samego początku działalności braci kaznodziejów w Krakowie w nowo powstałym klasztorze obok przeora obecny być musiał również lektor (najpewniej funkcję tę pełnił Henryk z Moraw). Od tego czasu można mówić o istnieniu w murach krakowskiego klasztoru szkoły konwentualnej. Wkrótce krakowski konwent, jako najstarszy i najważniejszy ośrodek Polskiej Prowincji zakonu, stał się również jej centrum intelektualnym. Prawdopodobnie już w XIII w., a z całą pewnością w pierwszej połowie wieku XIV, działały tu partykularne (a więc przeznaczone dla braci z całej Prowincji) szkoły filozofii i teologii. XV wiek przyniósł zaś powstanie studium generale, czyli szkoły teologii na poziomie uniwersyteckim, z prawem przyznawani stopni akademickich. Tak ważny i wciąż rozwijający się ośrodek studiów nie mógł rzecz jasna obyć się bez zasobnego księgozbioru. Najstarsza i posiadająca najcenniejsze zbiory w Polskiej Prowincji Dominikanów biblioteka krakowskiego klasztoru była w pewnym sensie zakładana dwukrotnie. Pierwszy raz, jak należy przypuszczać, wraz z powstaniem klasztoru w latach dwudziestych XIII w., drugi raz – po wielkim pożarze z 1850 r., w którym spłonęła większa część księgozbioru. Do naszych czasów z pierwszych lat funkcjonowania biblioteki krakowskiego klasztoru zachowało się niewiele. Jedynym rękopisem, który dziś posiadamy, a który należał do tego najstarszego księgozbioru, jest odpis konstytucji zakonnych przechowywany obecnie w Archiwum Polskiej Prowincji Dominikanów. Na podstawie rozmaitych przekazów źródłowych można się jednak pokusić o rekonstrukcję zbiorów krakowskiej biblioteki. Zaczątkiem dominikańskiego księgozbioru był Dekret Gracjana, przekazany braciom przez krakowską kapitułę katedralną. Pierwsi polscy dominikanie musieli posiadać w swych zbiorach żywot św. Dominika, Złotą legendę Jakuba z Voragine, czy Vitae fratrum Gerarda Fracheta. Należy przypuszczać, że z czasem księgozbiór został uzupełniony o pisma Ojców Kościoła, dzieła św. Tomasza z Akwinu czy księgi z zakresu prawa kanonicznego, o czym przekonują nas teksty autorstwa krakowskich dominikanów, którzy bez wątpienia w swej pracy korzystali z dostępnych na miejscu rękopisów. Początkowo biblioteka mieściła się prawdopodobnie w zabudowaniach szkolnych, zajmujących tak zwaną budowlę romańską wzniesioną w latach czterdziestych XIII w., a następnie poszerzonych w latach sześćdziesiątych tegoż stulecia o „budowlę gotycką”. Osobny budynek biblioteczny powstał zapewne dopiero w 1514 r., dzięki ofiarności Anny Ligęzy. Z czasem rozrastające się zbiory biblioteczne zmusiły braci do wzniesienia nowego, przestronniejszego gmachu. Powstał on około 1619 r., a biblioteka funkcjonowała w jego murach aż do pożaru w 1850 r. O stan i rozwój dominikańskich bibliotek klasztornych troszczył się nie tylko konwent i hojni fundatorzy, ale i centralne władze zakonu, wydając stosowne zarządzenia dotyczące klasztornych księgozbiorów. I tak kapituła generalna z 1569 r. nakazywała, by każdy klasztor posiadał swoją własną bibliotekę, inna, z 1605 r., nakładała na braci obowiązek troski o uzupełnianie księgozbioru o nowe pozycje, zaś w 1615 r. polecono wyznaczyć klasztornego bibliotekarza, który troszczyłby się o księgozbiór. Krakowska biblioteka dominikańska cieszyła się z jednej strony hojnością fundatorów, z drugiej zaś utrzymywała kontakty z krakowskimi księgarzami i drukarzami, co niewątpliwie ułatwiało systematyczne uzupełnianie zbioru. Nic dziwnego, że imponowała ona zasobnością i wartością zbiorów. Tak w XVII w. opisywał ją dominikanin Abraham Bzowski: „Spojrzyj również na bibliotekę w olbrzymim dormitarzu. Rzekłbyś, że to świątynia bogini Minerwy, tak wiele znajduje się w niej wartościowych książek. Ubogacił ją w niemałym stopniu dr Melchior z Mościsk, wzbogacali, odejmując sobie od ust, także inni, a mianowicie dr Wojciech Sękowski, ofiarując dla niej najlepsze dzieła Baroniusza, o. Fabian Birkowski, lektor i kaznodzieja, oraz Mikołaj z Mościsk i dr Jacek Suski, a nadto jeden z mistrzów darował jej ponad 140 dzieł. Takim bogactwem arcydzieł cieszy się ten księgozbiór”. Z kolei w połowie XVIII w. nowy gmach tak opisał Michał Siejkowski: „Klasztor ma znaczną bibliotekę, pokrytą blachą w roku 1732. Ma ta biblioteka banków czyli szaf wielkich nro 17, mniejszych zaś 16; pełne te szafy xiąg rozmaitych, których iest na kilka tysięcy, in diversis materiis et variis linguis, iako to oo. Świętych doktorów, expozytorów, teologów, św. Tomasza z Aquinu, ś. Augustyna, różnych tomistów y różnych sentencji autrów in variis scientiis, jurydyków, historyków, kaznodziejów, ascetów, artystów, oratorów, różne także ma instrumenta do matematyki, geometryi y innych nauk należące… Przyozdobiona także stołami, chorowemi xięgami pergaminowemi do kościoła należącemi, których jest 26. Manuscriptami różnych starych doktorów y mężów pracowitych, które godne, by in lucem publicam wyszły, gdyby iakim dobrodzieiem Pan Bóg opatrzył klasztor. Okien wspaniałych w tey bibliotece iest 16”. Trudno się dziwić, że tak bogate zbiory stanowiły pokusę dla odwiedzających bibliotekę czytelników. Przed nieuczciwymi gośćmi starano się na rozmaite sposoby zabezpieczać. W 1627 r. u wejścia do biblioteki zawisła bulla Urbana VIII, w której papież groził klątwą każdemu, kto nielegalnie wyniósłby należące do dominikanów książki. Że obawa przed kradzieżą nie była bezpodstawna, przekonują dwa epizody z późniejszej historii biblioteki. W marcu 1791 r. do krakowskiego klasztoru zawitał Tadeusz Czacki, który nie bez powodu zasłużył sobie na miano „doskonałego książkołapa”. Na oczach przeora i bibliotekarza, mimo ich sprzeciwu, zaopatrzony w pozwolenie króla i prymasa, niepożądany gość wyniósł z krakowskiej biblioteki 12 rękopisów i trzy druki. Gdy kilkadziesiąt lat później (między 1820 a 1850 r.) bibliotekę odwiedził hrabia Ossoliński, bracia, być może nauczeni złym doświadczeniem, odpowiednio się na te wizytę przygotowali. W sali bibliotecznej, prócz bibliotekarza, uwijali się młodzi zakonnicy, którzy z zawzięciem zamiatali podłogę, wzbijając tumany kurzu, by zniechęcić gościa do dłuższego pobytu. W konsekwencji hrabia szybko zakończył wizytę, komentując ją już po wyjściu słowami odnotowanymi przez kronikarza Ambrożego Grabowskiego: „O hultaje dominikany, ale ja przecież wielkie zrobiłem głupstwo, biorąc się do wielkich ksiąg, bo gdybym udał się do małych, byłbym może co ułowił”. Ilu takich czytelników upilnować się dominikanom nie udało, nie sposób dociec. Niestety zasobne zbiory krakowskiej biblioteki nie zachowały się do naszych czasów z powodu wielkiego pożaru z 1850 r., w którym większość ksiąg spłonęła. Szczęśliwie ocalało archiwum, księgi liturgiczne i starodruki, które w chwili pożaru znajdowały się poza biblioteką. Te ocalałe woluminy stały się zaczątkiem nowego księgozbioru, który zaczęto gromadzić wkrótce potem. Jego odtwarzanie rozpoczęto od przewiezienia do biblioteki krakowskiej starodruków ze skasowanego klasztoru św. Jacka w Warszawie. Dzieło wskrzeszenia biblioteki wspomagały również liczne darowizny, jak choćby o. Piusa Mrozickiego, o którym czytamy, że: „urządzenie biblioteki obecnej przez przygotowanie z pustkowia sal, szaf, pułek [sic!], jego to ofiarności klasztor nasz prawie całkowicie zawdzięcza. Nad to podarował swój piękny księgozbiór ze 400 tomów wynoszący tejże bibliotece, przysyłając dwukrotnie kilka dużych pak z książkami”. Kolejne sumy przeznaczane na krakowską bibliotekę i darowizny pozwoliły stopniowo odbudować bibliotekę i przywrócić jej dawną świetność. Dziś biblioteka posiada prawie 100 000 woluminów książek, ponad 20 000 roczników czasopism oraz blisko 20 000 starodruków.